Khi ta bón các loại phân hữu cơ và vô cơ vào đất, phân tác dụng nhanh hay chậm cho cây trồng hấp thu là nhờ hoạt động của vi sinh vật. Vi sinh vật phân giải hữu cơ thành dạng vô cơ cho cây trồng hấp thụ, biến dạng vô cơ khó tan thành dễ tan … Ngược lại các loại phân bón cũng ảnh hưởng đến sinh trưởng và phát triển của vi sinh vật trong đất.
1. Các tác động của phân bón đến vi sinh vật
Phân hữu cơ như phân chuồng, phân xanh, bùn ao sẽ làm tăng số lượng vi sinh vật vì bản thân trong đó đã có một số lượng lớn vi sinh vật. Chất hữu cơ làm tăng số lượng vi sinh vật phân giải xenluloza, phân giải protein và nguyên sinh động vật. Các loại phân hữu cơ khác nhau tác động đến sự phát triển của vi sinh vật đất ở các mức độ khác nhau tùy thuộc vào tỷ lệ C:N (tỷ lệ giữa carbon hữu cơ và nitơ hữu cơ) của phân bón.
Phân vô cơ cũng có tác dụng thúc đẩy sự sinh trưởng và phát triển của vi sinh vật đất vì nó có các nguyên tố N, P, K, Ca, vi lượng rất cần thiết cho vi sinh vật. Khi bón phối hợp các loại phân vô cơ với phân hữu cơ sẽ làm tăng số lượng vi sinh vật lên từ 3 – 4 lần so với bón phân khoáng đơn thuần, đặc biệt là các vi khuẩn Azotobacter, vi khuẩn amôn hóa, nitrat hóa, phân giải xenluloza.
Khi trong đất có nhiều phân hữu cơ thì việc bón các loại phân vô cơ có tác dụng kích thích hoạt động phân giải chất hữu cơ của vi sinh vật. Bón vôi có tác dụng cải thiện tính chất lý hóa của đất, làm tăng cường hoạt động của vi sinh vật, nhất là đối với đất chua, mặn, bạc màu.
2. Điều kiện sống của vi sinh vật
Đại đa số các loại vi khuẩn có ích đều phát triển mạnh mẽ ở độ ẩm 60 – 80%. Độ ẩm quá thấp hoặc quá cao đều ức chế vi sinh vật. Chỉ có nấm mốc và xạ khuẩn là có thể phát triển được ở điều kiện khô.
3. Những tác động khác ảnh hưởng đến vi sinh vật
Các loại thuốc hóa học trừ sâu, trừ bệnh, diệt cỏ gây tác động lớn tới vi sinh vật cũng như hệ sinh thái đất nói chung. Việc dùng các loại thuốc hóa học làm ô nhiễm môi trường đất, tiêu diệt phần lớn các loại vi sinh vật và động vật nguyên sinh trong đất.
Sử dụng phân vô cơ trong thời gian dài ít bổ sung hữu cơ cũng gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến vi sinh vật trong đất. Phân vô cơ làm gia tăng độ pH khiến hệ vi sinh vật bị mất cân bằng. Vi sinh vật gây hại sẽ chiếm đa số gây tổn thất đến cây trồng.
Ngoài ra các chế độ tưới nước, làm đất, các chế độ canh tác khác cũng có tác dụng rõ rệt tới hoạt động của vi sinh vật. Ví dụ như chế độ luân canh cây trồng. Mỗi loại cây trồng đều có một khu hệ vi sinh vật đặc trưng sống trong vùng rễ của nó. Bởi vậy luân canh cây trồng làm cho khu hệ vi sinh vật đất cân đối và phong phú hơn. Người ta thường luân canh các loại cây trồng khác với cây họ đậu để tăng cường hàm lượng đạm cho đất.
Tất cả những biện pháp canh tác nói trên có ảnh hưởng trực tiếp và sâu sắc đến sự phát triển của vi sinh vật trong đất, từ đó ảnh hưởng đến quá trình hoạt động sinh học, cụ thể là sự chuyển hóa các chất hữu cơ và vô cơ trong đất, ảnh hưởng đến quá trình hình thành mùn và kết cấu đất.